Este trabajo resume algunos de los principales avances metodológicos de la era QTL y de los desafíos que esperan. La metodología del modelo mixto es, y seguirá siendo, una herramienta clave en el análisis genético de los caracteres cuantitativos. 'Sólo' debemos irle añadiendo piezas para adecuarlo a las necesidades de cada situación, lo que no quiere decir que sea una tarea fácil. En estos momentos, ya disponemos de una teoría bastante general para el análisis de QTL, aunque echamos de menos un análisis más detallado de las posibles epistasias en el genoma o métodos específicos para caracteres longitudinales o de supervivencia. Tampoco parece haber un consenso generalizado sobre qué criterio emplear para fijar los umbrales de significación. Uno de los temas más candentes en estos momentos es el de localizar una mutación lo más precisamente posible, debemos encontrar formas robustas de incorporar el desequilibrio de ligamiento. Desde un punto de vista experimental, son las razas sintéticas las más adecuadas para llevar a cabo un experimento de cartografía fina. Por último, repasamos algunos de los desafíos que encontraremos próximamente: la genética genómica y los diversos proyectos hapmap. Urge un diálogo con los bioinformáticos y con los genetistas de poblaciones y evolutivos.