Este trabajo pretende mostrar los problemas encontrados en el protocolo diagnóstico basado en RTPCR de los codones 136, 154 y 171 del gen PrnP ovino cuando existen mutaciones en la secuencia del gen en los nucleótidos adyacentes a estas posiciones. Se han genotipado un total de 90 individuos pertenecientes a 3 razas españolas (Xalda, Rubia del Molar y Colmenareña) y 3 poblaciones ovinas de Burkina Faso: Sahel, Djallonké y Mossi. Como resultados más destacados, en las razas de Burkina Faso sólo se encontraron 3 alelos (ARQ, ARR y AHQ) con ausencia del alelo VRQ. Además, en 3 individuos el protocolo no fue capaz de identificar ninguno de los polimorfismos en los codones 136 y 171. Se secuenciaron 410 pares de bases del gen PrnP incluyendo los codones 136, 154, y 171, y se identificaron varios polimorfismos en los codones 138, 143 y 172. Estos polimorfismos afectan al resultado del protocolo diagnóstico. Se concluye que la existencia de polimorfismos en las regiones adyacentes de los codones genotipados, pueden afectar a los resultados de algunos protocolos diagnósticos, y con ello a los esquemas de selección de algunas razas ovinas basados en los genotipos del gen Prnp.