Los programas de Mejora Genética en conejos de carne se basan en la selección de líneas especializadas en los núcleos de selección que son utilizadas en un esquema de cruzamiento a tres vías: dos seleccionadas por productividad numérica (tamaño de camada) y una línea seleccionada por velocidad de crecimiento (carácter correlacionado genéticamente con la eficiencia alimentaria).
La respuesta genética anual estimada para el tamaño de camada se sitúa entre 0,04 y 0,15 gazapos destetados por camada. Otras dos alternativas para la mejora del tamaño de camada están siendo evaluadas: la aplicación de una elevada intensidad de selección para la creación de una nueva línea con un esquema de hiperprolíficas y la selección por eficiencia uterina. La eficiencia uterina se define como el máximo número de fetos que un útero es capaz de llevar a término cuando la tasa de ovulación no es un factor limitante.
La respuesta genética anual estimada en las líneas seleccionadas por velocidad de crecimiento es de unos 0,8 g/día durante el período de cebo. El aumento de la tasa de crecimiento parece conducir a un mayor peso adulto y a un menor estado de madurez a peso comercial.
El cruzamiento de las dos líneas maternas permite aprovechar la heterosis en los carácteres reproductivos de la hembra cruzada. El cruce final con el macho terminal o cárnico permite complementar los caracteres de las líneas materna y paterna.
La Unidad de Mejora Genética de la Universidad Politécnica de Valencia y el Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentaries (IRTA) han fomentado la creación de Núcleos de Selección Asociados, próximos a los cunicultores. El tamaño promedio de las granjas y las características reproductivas y de manejo permite que los cunicultores realicen la fase de Multiplicación en su propia explotación con las ventajas económicas, logísticas y sanitarias que conlleva.